рефераты конспекты курсовые дипломные лекции шпоры

Раздел Химия
/
Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах

Реферат Курсовая Конспект

Выберите учебное заведение

Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах

Работа сделанна в 2003 году

Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах - раздел Химия, - 2003 год - Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование Дальнодействующие Корреляции В Белковоподобных Сополимерах. Рассмотрим Коррел...

Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах. Рассмотрим корреляции между Н и Р звеньями вдоль белковоподобных последовательностей, которые сконструированы по схеме показанной на рис. .В самом деле, белковоподобные последовательности не являются случайными, такие корреляции должны существовать и важно знать, как изучить их исходя из одномерной первичной последовательности, без моделирования складывания цепи. Было показано при помощи как компьютерного моделирования, так и точных аналитических вычислений, что такие корреляции действительно существуют и кроме того имеют дальнодействующий характер. 21 Более точно они принадлежат к так называемой статистике полёта Леви. Это значит, что эффект памяти нативной конформации выражается через специфичные и нетривиальные статистики первичных белковоподобных последовательностей.

Анализ таких корреляций можно выполнить следующим образом.

Нужно выбрать окно длинны L и двигать его вдоль сконструированной НР- последовательности. Число Н звеньев в этом окне hL i является случайной переменной, зависящей от позиции i окна вдоль последовательности.

Эта случайная переменная имеет определённое распределение. Её среднее hL определяется по всем по всей последовательности. Достаточно легко вычислить дисперсию этого распределения. 19 DL hL I - hl 2 1 2 2 .17 Для полностью случайной НР последовательности значение DL имеет зависимость от ширины окна L как L1 2. Зависимость DL La, при a Ѕ , явно показывает на существование дальнодействующих корреляций. В приложении 5 показана дисперсия DL для двух процедур модификации поверхности ожнократное изменение поверхности и итеративный метод для N 1024. Можно видеть, что для последовательности, полученной итеративным методом, кривая имеет больший угол наклона.

Это означает, что дальнодействующие корреляции являются даже больше для этой последовательности, чем полученной первоначальным методом, описанным в статье 3 . Такое поведение DL может быть объяснено большей степенью блочности последовательностей, полученных при помощи итеративного алгоритма.

В этом случае значение длины блока составляет примерно 10 звеньев, в то время как для не модифицированного первоначального метода она составляет около 8 звеньев. Можно легко понять такие изменения первичной структуры на количественном уровне модифицированное мономерное звено становится более гидрофильным, поэтому существует тенденция к вытягиванию петель из глобулы. Это означает, что что следующие модификации будут более вероятно происходить в этой петле, что будет вести к увеличению длины блока.

Сильные флуктуации величины DL при больших значениях L происходит из-за конечных размеров последовательностей. Самая верхняя кривая с тангенсом угла наклона равным 1 показывает поведение величины DL для максимально неслучайной последовательности например для диблочного сополимера . 3.

Развернуть

Открыть в широком формате

– Конец работы –

Эта тема принадлежит разделу:

Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование

Другими словами, естественно ожидать, что количество информации в таких последовательностях относительно высоко сравнительно высоко по сравнению со… Можно добавить, что по ходу молекулярной эволюции первичные структуры… Исследование различных возможностей эволюции последовательностей сополимеров является областью, где концепцию эволюции…

Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах

Что будем делать с полученным материалом:

Если этот материал оказался полезным ля Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:

Все темы данного раздела:

Литературный обзор
Литературный обзор. Механическая модель молекулы Под моделью системы понимают выбор правил, описывающих взаимодействие частиц между собой и или с внешними полями, то есть в формулировке вида и спос

Основные подходы к математическому моделированию макромолекул
Основные подходы к математическому моделированию макромолекул. Основная задача статистической теории - вычисление средних значений различных величин, которые характеризуют поведение системы в состо

Методы молекулярной динамики МД
Методы молекулярной динамики МД. Метод математического моделирования, основанный на подходе усреднения по времени наблюдения называют методом молекулярной динамики. Суть его состоит в следую

Метод Монте-Карло МК
Метод Монте-Карло МК. Вычислительную схему, в основе которой лежит альтернативный вероятностный принцип определения средних значения, называют методом статистических испытаний или методом Монте-Кар

Особенности компьютерного эксперимента
Особенности компьютерного эксперимента. В обоих рассмотренных методах отсутствуют какие-либо физические упрощения. Эти методы основываются на общих принципах классической физики и, в сущности, пред

Решёточные и континуальные модели
Решёточные и континуальные модели. На основе решёточной модели выполнено множество теоретических построений, в частности связанных с решением классической и, в каком то смысле, основной задачи физи

Модернизированные методы компьютерного моделирования
Модернизированные методы компьютерного моделирования. Разработаны также имитационные методы, сочетающие принципы динамического и вероятностного стохастического моделирования. Они предназначе

Мотивы укладки цепи в белковых молекулах
Мотивы укладки цепи в белковых молекулах. Третичная структура белка это расположение всех атомов в пространстве. Для каждого белка третичная структура достаточно специфична и выявить общую т

Методы анализа белковых структур
Методы анализа белковых структур. В настоящее время не вызывает сомнения тот факт, что первичная структура белка определяет третичную. Поэтому возникает проблема предсказания пространственной струк

Определение гомологии первичных структур
Определение гомологии первичных структур. Этот метод применим не только к белкам, но и к нуклеиновым кислотам. Разработано множество программ, ищущих гомологии. Все они строят выравнивание a

Нахождение вторичной структуры
Нахождение вторичной структуры. Зная вклады отдельных взаимодействий в стабильность a-спирали, мы можем рассчитать свободную энергию спирализации любого участка цепи, а следовательно и Больцмановск

Дизайн белковых молекул
Дизайн белковых молекул. Задача дизайна обратная по отношению к задаче предсказания структуры. Если при предсказании мы должны найти пространственную структуру, наиболее пригодную для рассма

Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи
Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи. В этой главе рассмотрим НР - сополимеры, то есть полимеры состоящие из двух типов звеньев, и компьютерную реализацию дизайна различных моде

Молекулярные диспергаторы
Молекулярные диспергаторы. Подобную схему можно применить для получения другого класса сополимеров. На рис. 2.5. показана схема получения. Рис. 2.5. Получение молекулярных диспергаторов . 19 Такие

Моделирование мембранных белков
Моделирование мембранных белков. Рассмотрим получение модели НР сополимера, имитирующей мембранные белки. В этом случае неполярную прослойку обозначим как Н-звенья, а полярные опушки как Р. На долю

Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков
Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков. Один из методов получения белковоподобных сополимеров заключается в следующем. Начальная конфигурация это гомополимер

Модель и метод моделирования
Модель и метод моделирования. Глобулярные белки можно грубо считать как разновидность НР-сополимеров. В самом деле, мономерные звенья этих белков различаются тем, что одни аминокислотные ост

Результаты и обсуждение
Результаты и обсуждение. Рассмотрим некоторые моменты методики эксперимента. 8. Число усреднений и длительность расчёта. Рис. 4.1. Зависимость длин H- петель от числа модификаций. a 20 усреднений,