рефераты конспекты курсовые дипломные лекции шпоры

Раздел Химия
/
Модернизированные методы компьютерного моделирования

Реферат Курсовая Конспект

Выберите учебное заведение

Модернизированные методы компьютерного моделирования

Работа сделанна в 2003 году

Модернизированные методы компьютерного моделирования - раздел Химия, - 2003 год - Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование Модернизированные Методы Компьютерного Моделирования. Разработаны Также Имита...

Модернизированные методы компьютерного моделирования. Разработаны также имитационные методы, сочетающие принципы динамического и вероятностного стохастического моделирования.

Они предназначены для изучения влияния растворителя на конформацию и динамические свойства растворенной макромолекулы без явного учета малых молекул растворителя.

Такой подход, основанный на численном решении диффузионных уравнений, позволяет расширить вычислительные возможности за счет резкого уменьшения общего числа атомов в системе. В этом случае сила, входящая в правую часть уравнений 2.16 складывается из обычных потенциальных сил взаимодействия атомов рассматриваемой цепи, сил вязкого трения, пропорциональных скорости движения атомов в среде с заданной вязкостью, а также случайных сил, отражающих хаотичные толчки со стороны молекул среды.

Соответствующие расчеты называют моделированием методом стохастической динамики СД . 17 Поскольку плотная среда изменяет взаимодействие атомов по сравнению с их взаимодействием в вакууме, возникает вопрос о вычислении эффективных потенциалов, которые описывают такое влияние. В настоящее время эта непростая задача чаще всего решается с привлечением специальных представлений статистической теории жидкостей - метода интегральных уравнений. В таком комбинированном гибридном подходе представляющая главный интерес подсистема - макромолекула - моделируется обычными методами, а влияние окружающих её малых молекул учитывается путем численного решения интегральных уравнений.

На пути построения комбинированных вычислительных схем возможны и разного рода логические инверсии например, для выделенной не слишком большой молекулы можно проводить квантово- химические расчеты. а окружающую среду моделировать стандартными методами МД или МК. Таким образом, удается, в частности, исследовать химические реакции, протекающие в конденсированных средах. 2.3.

Развернуть

Открыть в широком формате

– Конец работы –

Эта тема принадлежит разделу:

Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование

Другими словами, естественно ожидать, что количество информации в таких последовательностях относительно высоко сравнительно высоко по сравнению со… Можно добавить, что по ходу молекулярной эволюции первичные структуры… Исследование различных возможностей эволюции последовательностей сополимеров является областью, где концепцию эволюции…

Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: Модернизированные методы компьютерного моделирования

Что будем делать с полученным материалом:

Если этот материал оказался полезным ля Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:

Все темы данного раздела:

Литературный обзор
Литературный обзор. Механическая модель молекулы Под моделью системы понимают выбор правил, описывающих взаимодействие частиц между собой и или с внешними полями, то есть в формулировке вида и спос

Основные подходы к математическому моделированию макромолекул
Основные подходы к математическому моделированию макромолекул. Основная задача статистической теории - вычисление средних значений различных величин, которые характеризуют поведение системы в состо

Методы молекулярной динамики МД
Методы молекулярной динамики МД. Метод математического моделирования, основанный на подходе усреднения по времени наблюдения называют методом молекулярной динамики. Суть его состоит в следую

Метод Монте-Карло МК
Метод Монте-Карло МК. Вычислительную схему, в основе которой лежит альтернативный вероятностный принцип определения средних значения, называют методом статистических испытаний или методом Монте-Кар

Особенности компьютерного эксперимента
Особенности компьютерного эксперимента. В обоих рассмотренных методах отсутствуют какие-либо физические упрощения. Эти методы основываются на общих принципах классической физики и, в сущности, пред

Решёточные и континуальные модели
Решёточные и континуальные модели. На основе решёточной модели выполнено множество теоретических построений, в частности связанных с решением классической и, в каком то смысле, основной задачи физи

Мотивы укладки цепи в белковых молекулах
Мотивы укладки цепи в белковых молекулах. Третичная структура белка это расположение всех атомов в пространстве. Для каждого белка третичная структура достаточно специфична и выявить общую т

Методы анализа белковых структур
Методы анализа белковых структур. В настоящее время не вызывает сомнения тот факт, что первичная структура белка определяет третичную. Поэтому возникает проблема предсказания пространственной струк

Определение гомологии первичных структур
Определение гомологии первичных структур. Этот метод применим не только к белкам, но и к нуклеиновым кислотам. Разработано множество программ, ищущих гомологии. Все они строят выравнивание a

Нахождение вторичной структуры
Нахождение вторичной структуры. Зная вклады отдельных взаимодействий в стабильность a-спирали, мы можем рассчитать свободную энергию спирализации любого участка цепи, а следовательно и Больцмановск

Дизайн белковых молекул
Дизайн белковых молекул. Задача дизайна обратная по отношению к задаче предсказания структуры. Если при предсказании мы должны найти пространственную структуру, наиболее пригодную для рассма

Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи
Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи. В этой главе рассмотрим НР - сополимеры, то есть полимеры состоящие из двух типов звеньев, и компьютерную реализацию дизайна различных моде

Молекулярные диспергаторы
Молекулярные диспергаторы. Подобную схему можно применить для получения другого класса сополимеров. На рис. 2.5. показана схема получения. Рис. 2.5. Получение молекулярных диспергаторов . 19 Такие

Моделирование мембранных белков
Моделирование мембранных белков. Рассмотрим получение модели НР сополимера, имитирующей мембранные белки. В этом случае неполярную прослойку обозначим как Н-звенья, а полярные опушки как Р. На долю

Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков
Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков. Один из методов получения белковоподобных сополимеров заключается в следующем. Начальная конфигурация это гомополимер

Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах
Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах. Рассмотрим корреляции между Н и Р звеньями вдоль белковоподобных последовательностей, которые сконструированы по схеме показанной на рис.

Модель и метод моделирования
Модель и метод моделирования. Глобулярные белки можно грубо считать как разновидность НР-сополимеров. В самом деле, мономерные звенья этих белков различаются тем, что одни аминокислотные ост

Результаты и обсуждение
Результаты и обсуждение. Рассмотрим некоторые моменты методики эксперимента. 8. Число усреднений и длительность расчёта. Рис. 4.1. Зависимость длин H- петель от числа модификаций. a 20 усреднений,